L’encyclique Pascendi (1907) exige des catholiques une adhésion entière aux enseignements de saint Thomas pour mieux lutter contre le modernisme. Cet appel va être diversement entendu par ceux qui revendiquent leur appartenance à l’École : les thomistes les plus belliqueux s’acharnent à dénoncer leurs adversaires ; les thomistes les plus studieux se réjouissent de la poursuite de l’élan léonin ; les thomistes les plus aventureux se proposent de réformer l’enseignement des sciences sacrées. Ces réactions, dans ce qu’elles ont eu d’excessif, ont contribué à nourrir l’antithomisme catholique contemporain.
L’ année 1907 marque un tournant dans l’histoire de la crise moderniste. Depuis le début du pontificat de Pie X, en 1903, les polémiques n’ont cessé d’enfler autour du loisysme. Dans leur sillage, les mises à l’Index se succèdent. Ces mesures sévères restent cependant d’ordre disciplinaire. En 1907, Rome parle trois fois solennellement et apporte un jugement doctrinal et une réponse cohérente à la crise qui secoue l’Église. Dans l’allocution qu’il prononce en remettant la barrette aux nouveaux cardinaux, le 17 avril 1907, le pape évoque l’amertume et l’angoisse qui le saisissent « en présence de cet assaut, qui ne constitue pas une hérésie mais le résumé et le poison de toutes les hérésies, qui tend à saper les fondements de la foi et à anéantir le christianisme ». Moins de trois mois plus tard, le décret du Saint-Office Lamentabili (3 juillet 1907) recense soixante-cinq propositions condamnables tirées d’écrits modernistes. Enfin, le 8 septembre 1907, Pie X promulgue l’encyclique Pascendi Dominici gregis.