À plusieurs reprises dans ses écrits, saint Thomas se réfère, explicitement ou implicitement, aux thèses tenues par Joachim de Flore ou ses disciples. En contredisant, parfois sévèrement, les thèses joachimites, Thomas dévoile sa conception de l’histoire, qui s’inscrit dans une perspective théologique, celle d’une économie du salut réalisée définitivement dans le Christ. Ainsi, ce sont surtout les principes d’une théologie de l’histoire qu’il propose, sans pour autant disqualifier les approches contemporaines d’un regard philosophique sur l’histoire, qui relèvent d’une autre démarche, qui ne fut pas honorée à son époque.