Plus souvent proclamée qu’analysée, la crise que traverse le thomisme dans les années soixante, et qui se répercute tant dans l’air du temps que dans les commissions conciliaires ou dans les écoles de théologie, ne tient pas simplement à l’effritement du « système romain » dont le néo-thomisme était depuis Léon XIII une pièce maîtresse. Sous la pression ambiante d’un « antiphilosophisme » virulent, c’est aussi une crise interne, affectant durablement les relations nouées entre la métaphysique et la théologie, marquant la déstabilisation, au moins momentanée, des relations entre les « trois sagesses ».
Au coeur des années soixante, la chose paraît partout entendue, la cause définitivement jugée — et l’on pourrait multiplier ici les citations, venues d’horizons très divers, et d’abord des rangs thomistes euxmêmes, diagnostiquant, d’autorité et sans prendre le soin de beaucoup détailler ni de beaucoup argumenter, « l’échec du renouveau thomiste », « l’avortement du projet néo-thomiste », « l’incontestable et irréparable déclin » de l’École : « On ne sut pas inventer un langage accessible à tous ; une brillante exception, celle du Père Sertillanges » ; « ce jargon scolastique et sauvage pouvait-il trouver sa place dans le concert de la philosophie contemporaine où l’on percevait la mélodie fascinante et irrésistible de Bergson ? on attacha plus d’importance au cliquetis des thèses et aux mécanismes de l’argumentation qu’à la saisie des intuitions », déplorait dans la revue Carmel un lecteur de Maritain, vraisemblablement assez chenu mais bien intentionné. Répondant pour sa part avec plus de vindicte au Paysan de la Garonne, le scotiste Fernand Guimet, aumônier de l’enseignement supérieur, balayait d’un revers de main un siècle de « néo-thomisme protéiforme qui […] a couvert de son noble pavillon les entreprises les plus variées, parfois les plus suspectes. Qu’a-t-il édifié ? Qu’a-t-il construit ? »
